１８２２年７月２５日，圣馬丁來到瓜亞基爾，與南美洲北部的“解放者”、著名的委內瑞拉革命領袖、政治家、軍事家、思想家西蒙·玻利瓦爾會談、會談的第二天與第三天，是在絕密的情況下進行的，沒有任何第三者參與，只有這兩位享譽南美的“南北巨子”。因此，會談內容也只有他們兩個知道。可是，會談結束后，玻利瓦爾未作任何透露，以后也未作任何回憶，而圣馬丁也同樣緘口不言，所以，這次秘密會談在歷史上留下了一個永遠解不開的謎。但是，舉世關注的“南北巨子”會談是不會就這樣無聲無息地過去的，人們對會談內容作了各種猜測。從會談前的氣氛看，是和諧、愉快的。圣馬丁到達港口時，玻利瓦爾的兩位助手去迎接，玻利瓦爾在他要居住的賓館歡迎他。在人民的歡呼聲中，兩位巨人緊緊地擁抱到了一起。但是，會談結束后，圣馬丁神情嚴肅，默默地走出了大廳。

　　玻利瓦爾則帶著一種神秘的表情，當通宵舞會在極度歡樂中進行時，圣馬丁卻悄無聲息地與同行的一位將軍不辭而別，返回了秘魯。返回秘魯不久，圣馬丁在“第一屆國會”上，鄭重而嚴肅地宣布辭去國家首腦和軍隊統帥的職務，決定不再擁有任何權力。并取下了他身上象征權力與最高榮譽的兩色綬帶，真誠地對議會成員們說：而今桂冠布滿了整個南美洲戰場，我的頭顱卻要躲避最后勝利的桂冠！我的心靈從來沒有被甜蜜的感情激動過，然而今天卻激動了我的心！對一個為人民的自由、民主、幸福而戰的斗士來說，勝利的喜悅只能使他更加誠心誠意地成為使人民享有權利的工具……我異常高興地見到了國會的成立，在這屆國會上，我辭去我所擁有的一切最高權力！我今天講話的目的只有一個，那就是，請所有議員先生都不要投我繼續執政的選票！”所有在場的人都非常吃驚，紛紛勸說圣馬丁收回辭呈。

　　但圣馬丁意志堅決，從各個方面解釋了他辭職的原因。不過，人們隱約感到，最主要的原因仍然是瓜亞基爾會議，可是，關于這點，圣馬丁只字未提。夜幕籠罩了大地，一切是這樣的寂靜。也許，圣馬丁的心里也知夜晚這樣寧靜、安祥？因為他這個時候正騎在馬上，靜靜地注視著萬籟俱寂的夜色。圣馬丁騎馬悄然無聲地離開了利馬市，又悄悄地坐船來到智利，隨后離開了曾為之奮斗不懈、并付出滿腔熱愛的祖國。遠赴歐洲，去迎接他窮困潦倒的晚年！一個曾為國人無限敬仰的領袖，何以會作出如此選擇呢？

　　人們又把目光聚集到了瓜亞基爾會談上。一種說法是：在與玻利瓦爾會談時，雙方在根本問題上產生了爭執，玻利瓦爾當時３９歲，血氣方剛，可能對圣馬丁態度強硬，寸步不讓。

　　而圣馬丁當年４４歲，由于３２年的戎馬生涯，身體嚴重受損，所以自動讓出統帥之位，讓玻利瓦爾獨自率軍掃清殖民殘余勢力。另一種說法更為世人所公認：“當時圣馬丁與玻利瓦爾的部隊面臨與殖民軍的“過渡港之戰”的前夕，圣馬丁所率部隊有許多病員，又因其他原因，使阿根廷、智利政府不能全力支持他，而他迫切希望增援，所以，便在瓜亞基爾與玻利瓦爾會談，希望得到玻利瓦爾的幫助。

　　如果玻利瓦爾在另一線牽制殖民軍，就有可能取得勝利，否則，圣馬丁以少攻多，勢必會出現敵我雙方的對峙，這樣的話，就會延緩拉美獨立的進程。結果，經過與玻利瓦爾密談，他明白了兩人之間的分歧，那就是：一山不容二虎。為了南美的未來，為了人民的利益，他痛苦地選擇了放棄權力的做法，而不是等待將來與玻利瓦爾兵戎相見。或許，后世歷史學家看得更清，托馬斯·基朵在他所著的《圣馬丁與偉大的史詩》中寫道：“玻利瓦爾對圣馬丁在解放秘魯戰爭中所取得的勝利是不高興的。

　　為了爭奪最后勝利和南美洲的最高權力，玻利瓦爾就會以大膽的手段，帶領他的部隊與圣馬丁的軍隊爭斗。兩支革命軍火并，圣馬丁認為是‘留在世界上的一件十分丟臉的丑行惡名！’所以他作出了痛苦的抉擇！”圣馬丁也曾說過：“我并不尋求榮譽”，“我的劍絕不為爭權奪利而出鞘！”只要秘魯和整個拉丁美洲真正獨立，我“將遠遠地離開這里”。

　　圣馬丁把自己畢生為之奮斗而取得的，也是南美洲最輝煌的勝利果實與最高權力、榮譽主動拱手讓與了他的革命伙伴同時又是對手的玻利瓦爾。

　　所以他受到了全世界許許多多人的贊揚，稱他為“一個在歷史上幾乎無雙的靈魂”！