第二次世界大戰爆發后，德、意、日于１９４１年簽定“三國公約”，美日之戰已不可避免。羅斯福總統再次召麥克阿瑟服現役，統一指揮遠東地區的全部美國陸軍和空軍。麥克阿瑟走馬上任不到５個月，就發生了日本海軍偷襲珍珠港的事件。此后，麥克阿瑟以他的勇氣和才能，奔波于澳大利亞、菲律賓和華盛頓之間，為恢復美軍元氣做了不懈的努力。不久，太平洋地區的盟軍統一編制，麥克阿瑟被任命為西南太平洋地區的總司令，指揮這一地區的部隊。他在戰爭中從不考慮個人安全，曾經數十次進入日軍的火力封鎖區，一次又一次地和第一攻擊波的部隊一起登陸。他曾說：“能打死我的日本子彈還沒造好！”

　　１９４４年６月，太平洋戰場上的美軍完全控制了新幾內亞和馬里亞納群島。對下一步的作戰目標，麥克阿瑟同海軍方面發生了分歧。參謀長聯席會議表示同意金海軍上將的建議：繞過菲律賓，攻取臺灣，早日進攻日本本土。麥克阿瑟則認為，加速進攻日本本土是行不通的，繞過菲律賓而直接攻取臺灣，從軍事上講是“完全錯誤”的。他要求親自去華盛頓全面陳述他的觀點。羅斯福總統沒有讓麥克阿瑟回華盛頓，而是相約在珍珠港會晤。７月２６日，兩人幾乎同時到達珍珠港。第二天晚上開始討論戰略問題，尼米茲拿出金海軍上將的計劃，并陳述了海軍方面對這一作戰計劃的理由，自己完全持中立立場。麥克阿瑟則詳盡陳述了首先收復菲律賓群島的理由。到午夜休息時，總統仍沒有作出最終裁決。第二天上午繼續會晤。麥克阿瑟的主張終于被采納。

　　９月１５日開始向菲律賓進軍，１０月２３日主要目標已被奪取。此后，他熬過了艱難的近３個月的萊特戰役，１月９日宣布萊特島上有組織的抵抗已經結束。此后，他得到了五星上將的特級軍銜。在宣布萊特島之戰勝利的同時，麥克阿瑟組織發起了進攻呂宋島的戰役，他鼓勵士兵要有決定性的突破，向馬尼拉“沖刺”。

　　２月３日，盟軍第一支部隊進入馬尼拉，解救了５０００多名戰俘。后來，他的部隊又進行了因萊特島戰役的艱難而推遲的硫磺島和沖繩島之戰，準備向日本本土進軍。

　　１９４５年８月１５日，日本宣布無條件投降。麥克阿瑟代表同盟國在受降儀式上簽了字。此后，他出任駐日本的美國占領軍司令。１９４８年，在美國總統競選時，他出于對華盛頓“一伙人”的不滿，又相信了一部分不明智的人的勸告，公開宣稱希望提名為共和黨的總統候選人。結果第一輪投票獲得１０９４票中的１１票，第二輪只獲得７票，第三輪則幾乎是零票。這對麥克阿瑟是一個沉重的打擊。

　　１９５０年朝鮮戰爭爆發，他出任“聯合國軍”總司令，派參謀長阿爾蒙德率領第１０軍在仁川登陸，擊敗深入南方的朝鮮人民軍，一直把戰火燒到中國邊境。此后“聯合國軍”又被中朝軍隊趕回三八線。

　　１９５１年，麥克阿瑟因在朝鮮戰爭問題上與杜魯門總統意見分歧而被解除軍職。

　　從此，結束了他的戎馬生涯，回到美國度過余生。