在我國遼闊美麗的新疆，有許多歷史遺跡，有些已被發掘，還有很多深埋于地下至今不為人們所知。這些都給新疆增添了無限的神秘，令許多中外考古學家們為之向往。而在那些已被世人所發掘的古遺址中，存在著相當數量的未解之謎，給人們留下了無盡的困惑和遺憾。

　　高昌王陵墓之謎

　　在著名的吐魯番火焰山下，有兩片古墓地—哈拉和卓和阿斯塔那古墓區。古墓總數近千座，大部分是古代高昌國時期的墓葬。古高昌國建立于公元5 世紀中葉，其都城即是火焰山下的高昌故城。在高昌國先后稱王的有闞氏、張氏、馬氏、麴氏，其中麴氏稱王時間最長，傳十代，歷時140 余年。直到公元640年唐朝統一高昌地區設西州時，高昌國才亡。使人感到奇怪的是，在這兩片墓區中，當年高昌國宮廷中的王親國戚大墓均有發現，但迄今卻未發現一座高昌王的陵墓。尋找高昌王陵墓仍然是新疆考古工作中一個有待解決的課題。

　　彩色陶罐之謎

　　在烏魯木齊南郊烏拉泊水庫旁一座古墓中，曾出土了一件彩色單耳小陶罐。罐高14.8 厘米，口徑9.5 厘米，底徑5.5 厘米。這是一件敞口短頸、鼓腹圓底的陶罐，在頸腹間有一寬帶狀的單耳。陶罐為手制，外涂一層土紅色的陶衣。陶衣上通體涂繪暗紅色的花紋。陶罐頸部是上、下兩排三角形花紋，腹部為上、下兩個三角形花紋演變而成的勾連的渦卷紋。耳柄上繪有斜紋方格網狀紋。口沿內壁還繪一圈帶紋。整個陶罐制作精巧，色澤艷麗，紋飾醒目，是一件美麗的原始藝術品。令人驚異的是,在哈密哈拉墩地區和烏魯木齊南山阿拉溝地區的古墓中，均發現同樣的陶罐。這是古代哪個民族的創造？陶器上彩繪三角紋、渦卷紋的花紋表現了什么？這些問題令人百思不得其解。

　　深腹青銅釜之謎

　　1983 年，新疆考古研究所在巴里坤哈薩克自治縣蘭州灣子古石溝建筑遺址發掘中，發現了一件十分精致的青銅釜，釜高50.5 厘米，釜口徑為33 厘米，其形狀為直口折沿。釜深，雙耳直立口沿上，釜下部為喇叭形高足。使人感到驚奇的是,與此類青銅釜相雷同的文物，近年來在新疆天山南北一些地區都有發現，甚至在今哈薩克斯坦共和國等中亞草原地區也有發現。此類青銅釜主要發現在草原地區，那么這究竟是哪一支古代草原游牧民族的遺物呢？至今尚是學術界的待解之謎。

　　桂葉形石鏃之謎

　　在新疆境內，考古學家曾在一些遺址點發現了大量細石器。這是一類用堅硬的石質作原料，采用壓制的方法打制而成的細小石器，器形有細石葉石器、刮削器、石核、石鏃或石矛，其細石葉石器，一般長僅2～5 厘米，寬1 厘米左右。這類細石器遺址是屬于新疆中石器時代或新石器時代的原始文化，但其中十分引人注目的是在羅布泊地區發現的一類桂葉形細石鏃（矛），其外形打壓制成桂樹葉子狀，石鏃（矛）表面壓琢成通體魚鱗狀，十分正規精致。此類桂葉形石鏃（矛）的典型器物竟與歐洲舊石器時代晚期克羅馬農人所使用的桂葉形石鏃（矛）完全相同，為什么會如此巧合？是東西方文化傳播的結果嗎？那么又是誰傳播的？這是新疆古代文化研究中的又一個“謎”。