瘧原蟲是一類最低等最原始的原生動物，它們的整個身體雖則只有一個細胞構成，卻是引起瘧疾的罪魁禍首。瘧原蟲種類繁多，遍及全球，但寄生在人體的瘧原蟲在我國較常見的有三種：引起瘧疾每隔一天發作一次的間日瘧原蟲；引起瘧疾每隔三天發作一次的三日瘧原蟲；引起瘧疾周期不規則的惡性瘧原蟲。

　　瘧原蟲有兩個寄主，來回寄生在人體和雌性按蚊體內。當帶有瘧原蟲的按蚊叮人吸血時，存在于按蚊唾液里的瘧原蟲孢子蟲即隨唾液而進入人體血液內。大約經過30分鐘，孢子蟲進入肝細胞，并在肝細胞中吸收營養，發育滋長，不斷分裂增殖成為裂殖體。裂殖體破壞肝細胞后，隨血流侵入紅細胞。裂殖體在紅細胞內不斷分裂繁殖，使原紅細胞破裂后又侵入其他紅細胞。如此周而復始，每破壞一次紅細胞，排出一些代謝產物，引起人體發冷發熱的周期性反應，這就是瘧疾。

　　裂殖體在人體內幾次裂體增殖后，一部分會形成雌雄配子體。這時如有按蚊在人體上吸血，部分雌雄配子體就進入蚊胃中，并在那里受精生殖，產生許多孢子蟲。帶有孢子蟲的按蚊又去叮人吸血，這樣，瘧原蟲又開始了一次新的生育循環。兩種繁殖交替進行，所以瘧原蟲得以廣泛傳播。 防治瘧疾最根本的措施是消滅按蚊，切斷傳染源，使瘧原蟲失去重要的中間宿主而無法繁殖。