土壤是微生物生活的最好的場所。土壤具有微生物生長所需要的各種條件。首先，土壤中有豐富的有機(jī)質(zhì)，能為微生物提供碳源、氮源和能量；同時(shí)也有豐富的無機(jī)礦物質(zhì)，為微生物的生長提供礦物養(yǎng)料。土壤的良好持水性，保證了微生物生長繁殖所需要的水分。土壤的多孔性貯留了許多空氣，能滿足好氣性微生物的需求。另外，土壤的酸堿度接近中性，滲透壓在3～6大氣壓之間，與微生物生長繁殖所要求的相似。土壤中，溫度相對穩(wěn)定。這些，都能滿足微生物生長繁殖的要求。因而土壤事實(shí)上是“微生物天然的培養(yǎng)基”。在這里微生物的種類最多，數(shù)量也最大，據(jù)估測，通常一克肥土含有幾億至幾十億個(gè)微生物。貧瘠的土壤每克所含的微生物量也在幾百萬至幾千萬之多。其中既有非細(xì)胞形態(tài)的微生物，也有細(xì)胞形態(tài)的微生物及藻類和原生動(dòng)物。

　　土壤微生物，以細(xì)菌為最多，通常占土壤微生物總數(shù)量的70％～90％，主要是腐生性菌，少數(shù)是自養(yǎng)性的。細(xì)菌雖小，但由于數(shù)量多，所以生物量也高，所謂生物量，是指單位體積中，活細(xì)胞的重量。據(jù)估計(jì)，土壤中細(xì)菌的生物量，若以每畝半尺深耕作層的土壤重30萬斤計(jì)，則每畝土壤的這一深度內(nèi)細(xì)菌的活重為180～460斤。以土壤有機(jī)質(zhì)含量為3％計(jì)算，則所含細(xì)菌的干重約為土壤有機(jī)質(zhì)的1％左右，而占土壤重量的萬分之三左右。由于它們個(gè)體小，數(shù)量大，與土壤接觸的表面積特別大，成為土壤中最大的生命活動(dòng)面，也是最活躍的生活因素，時(shí)刻不停地進(jìn)行著與周圍環(huán)境的物質(zhì)交換。

　　土壤類型不同，土層深度不同，季節(jié)的不同，降水量的多寡，土壤反應(yīng)，耕作制度等都對細(xì)菌的分布和活動(dòng)產(chǎn)生影響。一般來說，富含有機(jī)質(zhì)的黑鈣士比有機(jī)質(zhì)缺乏的灰化土含有的細(xì)菌要多。表層土中的數(shù)目和種類也都比深層土中多。特別是硝化細(xì)菌、纖維分解菌和非共生固氮菌等更是隨土層深度的增加而急劇減少。土壤中有機(jī)質(zhì)的礦化以春秋兩季最甚，因而菌數(shù)也會(huì)相應(yīng)增加。土壤中含有的空氣和水分是對立的，降雨量過多，礙及通氣，好氧性細(xì)菌的數(shù)量會(huì)減少。土壤過酸或過堿對很多細(xì)菌的生長都是很不利的。耕作可以改善土壤中空氣和水的狀況，促進(jìn)好氧性菌的活動(dòng)，有利于有機(jī)質(zhì)的分解。

　　土壤中放線菌的數(shù)量也很大，僅次于細(xì)菌，每克土壤含有幾百萬到幾千萬的菌體和孢子，約占土壤中微生物總數(shù)的5％～30％。它們多喜歡堿性富含有機(jī)質(zhì)的溫暖的土壤。放線菌數(shù)量雖比細(xì)菌少，但由于體積大，比細(xì)菌大幾十倍到幾百倍，所以，在土壤中的生物量并不低于細(xì)菌。放線菌耐干燥能力較細(xì)菌要強(qiáng)，能存在于干燥的土壤乃至沙漠中，它們隨土壤深度的增加而減少的速度比細(xì)菌慢，因此，深層土壤中放線菌往往比其他微生物要多。

　　真菌主要分布在土壤的表層，由于它們喜酸性，因此，在酸性森林土壤中更多。真菌在數(shù)量上要比細(xì)菌和放線菌要少，每克土壤只含幾萬至幾十萬個(gè)，但由于其菌絲很粗，個(gè)體體積較細(xì)菌和放線菌大，所以它們的生物量也不少。土壤中真菌含有霉菌、酵母菌和擔(dān)子菌等。這些真菌往往具有很強(qiáng)的分解能力，有不少真菌能分解許多微生物所不能分解的纖維素、木質(zhì)素等物質(zhì)，從而有助于改善土壤的結(jié)構(gòu)，提高土壤肥力。

　　此外，土壤中還含有藻類和原生動(dòng)物。藻類具有光合色素，能通過光合作用，增加土壤中的有機(jī)物。原生動(dòng)物是土壤中異養(yǎng)的小動(dòng)物，它們吞食各種有機(jī)物、藻類和菌類，它們對土壤中的物質(zhì)轉(zhuǎn)化和在藻類、菌類數(shù)量調(diào)節(jié)方面起著很大的作用。

　　由上述可見，土壤中微生物的數(shù)量是極為龐大的，其數(shù)量和種類遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過任何高等生物量。那么這許許多多名不見經(jīng)傳，極不起眼又極不平常的小小生物到底有什么用呢？

　　事實(shí)上，微生物是極為有用的，它們在土壤的形成，自然界中的物質(zhì)轉(zhuǎn)化，以及對動(dòng)植物的生長都有巨大的作用。

　　地球的表面最初也是由各種巖石所組成的，這表層的巖石經(jīng)風(fēng)吹、日曬、雨淋等自然力的作用下逐漸風(fēng)化，形成巖石碎粒。而在這同時(shí)，表層土壤也有了一些原始的微生物，這些微生物有許多是自養(yǎng)型的固氮微生物，它們能利用巖石碎粒中的無機(jī)鹽來提供能量，進(jìn)行生長繁殖，并能把空氣中游離的處于穩(wěn)定狀態(tài)的n2固定下來，使原始的土壤中有了能供植物利用的氮源。這樣，各種植物開始在土壤中生長，植物的生長又進(jìn)一步改善土壤的結(jié)構(gòu)和物質(zhì)的組成。而植物的生長又引來了許多動(dòng)物的定居。植物的枯枝敗葉，動(dòng)物的排泄物、分泌物、尸體最終落到土壤中，而土壤中另一些微生物把這些富含有機(jī)物的動(dòng)植物殘?bào)w和廢物進(jìn)行分解，由此，產(chǎn)生了構(gòu)成土壤最重要的一層成分--腐殖質(zhì)，這是一層黑色的，具有粘性的，有活力的土壤有機(jī)成分。有了它，土壤才具有良好的團(tuán)粒性和能保持持久的肥力，所以成熟的土壤是由來自巖石的礦物質(zhì)、水、空氣，來自動(dòng)植物的有機(jī)物和微生物所組成的混和體。腐殖質(zhì)則是有機(jī)物和微生物的混和物，是土壤最重要的組成成分。